哈尔滨船大工程技术设计研究院是哈尔滨工程大学全资的高新技术企业，成立于1998年10月，经营范围主要从事舰船与海洋工程领域产品的技术开发与成果转让，并提供相关工程与服务领域的科技成果开发与转让等。2000年8月，通过海军第二方质量体系认定，进入海军合格厂商名录，成为国内首家通过“双认证”的校办高新技术企业。2002年，船大工程院又顺利通过2000版ISO9001质量管理体系标准换版认证

　　依托于该校“三海一核”(船舶工业、海军装备、海洋开发和核能应用)的办学特色优势，船大工程院始终坚持特色发展的道路，逐步发展成组织结构健全、管理规范、经营状况良好的高新技术企业，现已成为国内船舶海洋领域技术转移和成果转化最重要的技术转移机构。